В новом веке нижегородский футбол заблистал новыми яркими красками. В 2007 году в Нижнем Новгороде была открыта Нижегородская Академия Футбола, воспитанники которой уже сейчас призываются в сборную России своих возрастов. В этом же году на базе любительской команды «Тэлма-Водник», выступавшей до этого в чемпионате Нижегородской области, был создан новый клуб под названием ФК «Нижний Новгород». 11 мая 2007 года нижегородский клуб «Волга» и ФК «Нижний Новгород» заключили договор о совместной деятельности сроком на один сезон. Команда была переименована в «Нижний Новгород-Волга-Д», а игроки «Волги» Дмитрий Айдов, Максим Васильев, Андрей Буйволов, Эдуард Учуров, Санал Гаврилов, Сергей Синяев, Дмитрий Логинов, Юрий Дорошенко, Андрей Попов и другие могли помогать нашей команде выходить во второй дивизион. ФК «Нижний Новгород» неплохо провел сезон и занял в первенстве МФС «Приволжье» третье призовое место, которое дало право подняться на ступень выше и получить статус профессионального футбольного клуба.
Новым главным тренером клуба в декабре 2007 года был назначен известный в прошлом футболист, игрок сборных СССР, СНГ и России — Дмитрий Кузнецов. Однако уже в феврале 2008 года Дмитрия Кузнецова на этом посту сменил другой молодой тренер, также участник чемпионата мира 1994 года, Илья Цымбаларь.
Сезон 2008. Второй дивизион. Зона "Урал-Поволжье"
В феврале 2008 года ФК «Нижний Новгород» прошел процедуру аттестации в ПФЛ и был включен в состав участников первенства России среди команд второго дивизиона. Руководство клуба вновь поставило высокую задачу - войти в тройку сильнейших команд зоны «Урал-Поволжье». Сезон «горожане» начали под руководством Ильи Цымбаларя, в прошлом известного футболиста московского «Спартака» и сборной России. В команду была приглашена большая группа футболистов, имеющих опыт выступления в клубах премьер-лиги и первого дивизиона. Но старт нижегородцев в первенстве вряд ли можно назвать успешным: яркие победы чередовались с досадными поражениями. В июне Илья Цымбаларь по семейным обстоятельствам покинул команду. А на пост главного тренера был приглашен хорошо известный по работе с Дзержинским «Химиком» Салават Галеев. Новому наставнику удалось стабилизировать игру команды, а рекордная серия из девяти побед подряд вывела ФК «Нижний Новгород» на вторую строчку в таблице.
После этого в клуб, решив семейные проблемы, вернулся Илья Цымбаларь. Работая в тандеме, Галеев и Цымбаларь смогли решить поставленную задачу на сезон - войти в тройку сильнейших.
Из-за финансового кризиса ряд клубов не смогли принять участие в турнире Первой лиги. Руководство Профессиональной футбольной лиги в официальном письме сделало предложение нашему клубу участвовать во втором по значимости дивизионе России. Руководство ФК "НН" приняло предложение и уже в сезоне 2009, клуб заявился в Первый дивизион.
Сезон 2009. Первый дивизион
Главным тренером нижегородской команды, дебютирующей в первом дивизионе чемпионата страны, был назначен Михаил Васильевич Афонин - тренер категории "Б". Ранее работал тренером нижегородского "Локомотива", краснодарской "Кубани", благовещенского "Амура" и главным тренером ФК "Краснодар-2000". После неудачной серии для ФК «Нижний Новгород», Михаил Васильевич уходит с поста главного тренера, на место которого приходит новый тренер – Александр Витальевич Григорян, работавший раннее исключительно с женскими футбольными командами.
В сезоне 2009 года ФК "Нижний Новгород" занял 13-е место в итоговой таблице Первого дивизиона, набрав 50 очков. Задача закрепиться в турнирной таблице была выполнена.
В Кубке России сезона 09/10 горожане выступили намного удачливее. Впервые в своей истории нижегородцы дошли до 1/8 финала, где встретился с обладателем Кубка UEFA питерским "Зенитом". К сожалению, тот матч закончился не в пользу нижегородцев. Игра закончилась со счетом 2:1 в пользу команды из Санкт-Петербурга, которая сумела вырвать победу только лишь в овертайме.
Сезон 2010. Первый дивизион
В 2010 году администрация города отказалась от финансирования ФК "Нижний Новгород",и ответственность за финансирование клуба взяло на себя правительство нижегородской области во главе с Валерием Павлиновичем Шанцевым. Им было отправлено гарантийное письмо в ПФЛ и ФК "Нижний Новгород" смогли продолжить свое выступление в первом дивизионе.
Руководил командой тренерский совет во главе с Президентом клуба Виктором Зайденбергом и главным тренером Александром Григоряном. В результате команда провела лучший сезон в своей истории и, одержав 21 победу в 38 матчах, заняла почетное третье место в турнире. ФК "Нижний Новгород" заставил заговорить о себе.
Сезон 2011. Первый дивизион
В сезоне 2011 горожане выстпуают под патронажем администрации Нижнего Новгорода.
